Objectif du Projet : Fouille de données
cliniques et biologiques

On utilisera une base de données commune liée à la chirurgie de l'obésité: ObesOP2009

Pour les méthodes vous utiliserez R vu en cour et découvrirez RanalyticFlow qui permet de partager du R et de visualiser graphiquement des programmes en R.

Vous fournirez :

Un article/rapport de 4 Pages qui présente vos travaux : Plan. Intro + Motivation + la tâche à réaliser + les expérimentations + vos conclusions

une présentation pour la soutenance orale.

Travail en binôme accepté

A faire

Analyse et Fouille de données

Faites des flux en RAnalyticFlow pour charger et analyser ces données.
Choisir trois parametres d'intérêt qui vous semblent d'intérêt a priori: P1, P2 et P3.
En R (avec RAnalyticFlow) faite un flux (en anglais Analysis Flow) qui permette de construire le profil de P1, P2 et P3 aux différents temps en faisant une structure de données par parametre.
Pour chaque parametre P1, P2 et P3 faite un flux clustering hierarchique et un clustering par k plus proche voisin. Vous pourrez faire le premier et le dupliquer.
Comme ces données sont longitudinales, vous pourrez charger le package R kml qui permet de faire du clustering pour ce type de données et vous donne un nombre k optimal de classe.
Calculer la silhouette de vos classes.
Choisissez le parametre P qui vous donne la meilleure silhouette et choisissez k=2 et considérer les deux classes obtenues pour ce paramètre P.
Utiliser l'algorithme de construction d'arbre de décision vu en cours (package rpart).
Analyser et discuter vos résultats.

Pour la présentation

Faire un rapport présentant votre travail (article de 4 pages plus annexes graphiques)
Préparer une présentation de ce travail en ppt. Pour cette présentation
ne présentez que ce que vous avez fait d'original (inutile de passer trop de temps à présenter ce qui est en commun à tous) :

Vos flux,
Vos analyses des données,
Vos profils, vos groupes de profils ou classes,
Vos apprentissages des données
Discussion des résultats

Faites un zip avec les flux RAnalytical Flow, le rapport et envoyez les à jdzucker /@/gmail.com au plus tard le 11/12/2011 à minuit.

SOUTENANCES: Mecredi 14 Décembre 2011 à 9h
Ordre de passage alphabétique.

Données : ObesOP2009

Données : Voici les données relatives à des patients ayant subis une opération et leur suivi, il ya 5 fichiers:

Preop: Données bioclinique avant opérations

3 mois: Données à 3 mois

6 mois: Données à 6 mois

1 An: Données à 1 an

2 An: Données à 2 an

Voici l'explication des champs.